Le ministère de l’Intérieur a réagi  à l’affaire Mounjib. Le 16 septembre, Reporters sans frontières annonçait que Maâti Mounjib, président de l’association Freedom Now, entamait une grève de la faim, pour dénoncer « l’acharnement des autorités», dont il se dit victime. Plusieurs médias marocains et étrangers, relayant les déclarations de l’historien, ont annoncé une « interdiction de sortie du territoire »  que la police aurait fait valoir au moment où Mounjib voulait se rendre à un congrès académique à Barcelone.

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Dans un communiqué, le ministère de l’Intérieur a donné sa version des faits. Le communiqué précise que « les déclarations rapportées par certains organes de presse et attribuées à Maati Mounjib, dans lesquelles il prétend être interdit de voyage par les autorités sécuritaires et qu’il aurait fait l’objet de harcèlement et de menace de mort, sont dénuées de tout fondement. » Et de rajouter : « L’intéressé est poursuivi dans une affaire en relation avec des irrégularités financières alors qu’il gérait un centre d’études. »

En conclusion du communiqué, l’Intérieur stipule qu’une « correspondance a été envoyée au ministère de la Justice et des libertés pour l’ouverture d’une enquête sur ces déclarations, avec les effets judiciaires qui en découlent. »