Pour justifier son coup d’Etat, la junte militaire avait dénoncé le manque de moyens alloués à l’armée pour combattre les rebelles touaregs et leurs alliés islamistes du nord du pays. Mais le putsch n’a fait qu’accroître la désorganisation de l’armée régulière, en débandade totale. Lundi 2 avril, elle avait perdu le contrôle de tout le nord du pays, dont les grandes villes de Gao et Tombouctou. La junte, également menacée par la frange de l’armée restée fidèle au président déposé, a annoncé le “retour à l’ordre constitutionnel”, mais n’a pas quitté le pouvoir. Les chefs d’Etat d’Afrique de l’Ouest ont menacé d’intervenir militairement, tandis que les rebelles semblent se désunir. Le 2 avril, les groupes islamistes Ansar Dine (défenseurs de l’islam, ndlr) et Al Qaïda au Maghreb islamique (AQMI) auraient pris le contrôle de Tombouctou et en auraient chassé leurs alliés touaregs. Les rebelles ne partagent pas tous le même objectif : Ansar Dine veut appliquer la Charia dans tout le Mali, alors que le principal mouvement touareg, laïc, souhaite créer un État touareg dans le nord du pays.